Près de 70 % des espèces de poissons d'eau douce du Québec fréquentent le lac Saint-Pierre.

Certaines espèces de poissons telles que le grand brochet, la perchaude et la barbotte brune vont frayer dans la plaine d'inondation lors des crues printanières. La profusion de microorganismes, due au réchauffement rapide de l'eau, permet aux alevins de trouver facilement de la nourriture et de bien se développer. Lorsque l'eau se retire des terres, les jeunes poissons retournent au fleuve.

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La végétation des milieux humides retient les particules en suspension. L'eau ainsi filtrée est plus claire et cela évite que les branchies des poissons ne soient obstruées.